Lysozym

Dieses Beispiel illustriert die Datenerfassung mit dem PlateMate, konfiguriert für den MicroMax-007 HF Röntgengenerator von Rigaku, ausgestattet mit einem AFC11-chi Goniometer und einem Saturn 944 HG CCD Detektor. Ein 120 µm Lysozym-Kristall, der sich in Well E1 einer niedrigprofilierten Greiner Platte befindet, wurde in dem Röntgenstrahl zentriert. Die Daten (43°) wurden bei Raumtemperatur erfasst, mit einer Belichtungszeit von 20 Sekunden pro 0.5°. Die Gesamtzeit für die Datenerfassung betrug 28 Minuten und 40 Sekunden.




Lysozymkristall für die Datenerfassung


Beispiel für ein Beugungsbild mit einer
Belichtungszeit von 20 Sekunden pro 0.5°



Detektorentfernung Δω Osc. Bereich # img Entwicklungszeit Gesamtentwicklungszeit
80 mm 0.5° -33° < ω < 10° 86 20 sec 28 min 40 sec

Parameter für Datenerfassung



Space group P43212
Elementarzelle a = 79.24 Å
c = 38.01 Å
Auflösung 2.7 Å
Mosaizität 0.31 - 0.35°
Totalreflexionen 11538
Charakteristische Reflexionen 3639
Verworfene Reflexionen 26 = 0.23%
Vollständigkeit 90.7% (79.5%)
Redundanz 3.5 (2.0)
I/σ(I) 13.9 (2.8)
R (linear)merge9.0%
χ² 1.276 (0.723)

Kristallparameter und Skalierungsstatistik mittels HKL-3000R
Werte in Klammern für last shell.




Grafische Darstellung für χ² und R-Faktor vs. Auflösungen.
Orange: χ² merged; Blau: χ² abweichend;
Green: R-Faktor merged; Red: R-factor abweichend


Grafische Darstellungen für I/σ(I) vs. Auflösung.
Blau: I/σ(I) merged; Rot: I/σ(I) abweichend


Die Struktur für Lysozym wurde mittels Methoden in HKL-3000R ermittelt. HKL-3000R nutzt die Programme MOLREP und PDB ID ‘1HEL’ als Ausgangsmodell, von dem Liganden und Wassermoleküle entfernt wurden. Mit Hilfe von Daten im Bereich 3.0 Å, errechnete MOLREP ohne weiteres ein Strukturmodell.

Das Strukturmodell wurde anschließend in fünf Arbeitsgängen mittels REFMAC und 3.0 Å Datensätzen verfeinert und danach wurde in 10 Arbeitsgängen mit Datensätzen von 2.7 Å die 'restrained atomic' Verfeinerung durchgeführt. Die Faktoren Rfac und Rfree, ohne lokalisierte Wassermoleküle oder Korrekturen für größere Ansammlungen von Lösungsmittelmolekülen, betrugen 17.5% und 27.5%.



2Fo-Fc Konturen (1.5σ)