Thaumatin

Dieses Beispiel veranschaulicht die Datenerfassung mit PlateMate, konfiguriert mit dem Rigaku MicroMax-007 HF Röntgengenerator ausgestattet mit einem AFC11-chi Goniometer und einem Saturn 944 HG CCD Detektor. Ein 200 µm Thaumatin-Kristall, der sich in Well A10 einer niedrigprofilierten Greiner Platte befindet, wurde in dem Röntgenstrahl zentriert.. Die Datenerfassung (50°) wurde bei Raumtemperatur durchgeführt, mit einer Belichtungszeit von 30 Sekunden pro 0.25°. Die Gesamtzeit der Datenerfassung betrug 1 Stunde 40 Minuten.




Thaumatinkristall für die Datenerfassung


Beispiel für ein Beugungsbild mit einer
Belichtungszeit von 30 Sekunden pro 0.25°



Detektorabstand Δω Osc. Bandbreite # Bild Belichtungszeit Gesamtbelichtungszeit
80 mm 0.25° -30° < ω < 20° 200 30 sec 1 hr 40 min

Parameter für Datenerfassung



Raumgruppe P41212
Elementarzelle a = 58.70 Å
c = 151.59 Å
Auflösung 2.6 Å
Mosaicity 0.38 - 0.40°
Totalreflexionen 26735
Charakteristische Reflexionen 8802
Verworfene Reflexionen 17 = 0.06%
Vollständigkeit 68.6% (42.8%)
Redundanz 4.4 (2.9)
I/σ(I) 30.2 (6.8)
R (linear)merge4.9%
χ² 1.193 (0.7173)

Kristallparameter und Skalierungsstatistik mittels HKL-3000R
Werte in Klammern für last shell.




Grafische Darstellung für χ² und R-Faktor vs. Auflösungen.
Orange: χ² merged; Blau: χ² abweichend;
Green: R-Faktor merged; Red: R-factor abweichend


Grafische Darstellungen für I/σ(I) vs. Auflösung.
Blau: I/σ(I) merged; Rot: I/σ(I) abweichend


Die Struktur von Thaumatin wurde mittels molekularer Ersatzmethoden und HKL-3000R ermittelt. HKL-3000R nutzt die Programme MOLREP und PDB ID ‘1RQW’ als Ausgangsmodell, von dem Liganden und Wassermoleküle entfernt wurden. Mit Hilfe von Daten im Bereich 3.0 Å, errechnete MOLREP ohne weiteres ein Strukturmodell.

Das Strukturmodell wurde anschließend in fünf Arbeitsgängen mittels REFMAC und 3.0 Å Datensätzen verfeinert und danach wurde in 10 Arbeitsgängen mit Datensätzen von 2.6 Å die 'restrained atomic' Verfeinerung durchgeführt. Die Faktoren Rfac und Rfree, ohne lokalisierte Wassermoleküle oder Korrekturen für größere Ansammlungen von Lösungsmittelmolekülen, betrugen 17.8% und 22.2%.



2Fo-Fc Konturen (1.5σ)