Software de recolección de datos, procesamiento y solución de la estructura

Completa solución unificada de software para la cristalografía de proteínas

HKL-3000R

HKL-3000R representa un nuevo enfoque en software de cristalografía de recopilación de datos que integra la recopilación de datos, reducción de datos, las fases y la construcción de modelos en un solo paquete. Este enfoque acelera significativamente el proceso de determinación de la estructura y en promedio minimiza el número de cristales, los conjuntos de datos y el tiempo requerido para la solución de la estructura.

HKL-3000R es fácil de usar

HKL-3000R es una interfaz única de usuario que permite el procesamiento de datos y solución de estructura. El proceso de la solución de estructura inherente a HKL-3000R transfiere continuamente la salida de una etapa a la siguiente. Estratégicos puntos de parada se proporcionan en el software de solución de estructura para evitar los obstáculos comúnmente asociados con la caja negra de cristalografía. Además de su propia base de datos interna, el software se comunica con bases de datos estándares, como PDB (Base de Datos de Proteínas) y SwissProt, según sea necesario. El software cuenta con una extensa documentación y es bien conocido por la comunidad como lo demuestra el número dominante de depósito de estructuras de rayos X que HKL refiere en PDB. Además, HKL está instalado en muchas líneas de haces y los investigadores pueden aprender un paquete que se utiliza tanto en el laboratorio en casa, así como en el sincrotrón. Su constante uso por la comunidad cristalográfica de proteína ha conducido a un ajuste fino del software para que sea fácil de utilizar y satisfacer las necesidades de la biología estructural.

HKL-3000R para recopilación y procesamiento de datos y solución de la estructura

El sistema, cuando funciona en modo semiautomático, proporciona al experimentador la posibilidad de revisar los parámetros más importantes que definen la calidad de los datos de difracción, y da una idea de los pasos concretos del proceso de elucidación de la estructura. En la mayoría de los casos, utilizando la configuración predeterminada de los resultados del programa en un modelo muy completo de una macromolécula. Por otra parte, como un proceso semiautomático de determinación de la estructura en cada paso ofrece información al investigador y, en el peor de los casos, muestra por qué un determinado experimento fracasó, lo que no es posible en el caso de la automatización "fuerza bruta".

La reducción y análisis de datos de imagen Raw se realiza mediante los mismos algoritmos que hicieron de HKL-2000 un gran éxito. Para proyectos de secuencia de proteína conocida, el sistema sugiere los parámetros de entrada óptimos para cada paso y ofrece un sofisticado análisis de los resultados de cada paso. El análisis de los resultados se utiliza para optimizar los parámetros de entrada para cada etapa subsiguiente. El experimentador tiene la capacidad de ajustar cientos de parámetros. Además, los resultados pueden ser ordenados de varias maneras, una solución puede ser comparada con otras y cualquier solución se puede seleccionar para las etapas subsiguientes.

HKL-3000R es el paquete de procesamiento más utilizado para los datos de difracción de proteínas

La base fundamental del HKL-3000R es su paquete de datos de procesamiento más potente en el mundo, HKL-2000. La evidencia de esto se puede ver en las estadísticas de las presentaciones de estructura de proteínas a la PDB. Ningún otro paquete de procesamiento con dominio comercial o público, se aproxima al HKL-2000 en términos de número de referencias PDB.

HKL-3000R
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Features

  • El HKL-3000R controla el instrumento de recolección de datos
  • Estrategia de cálculo de recolección de datos para goniómetros de ejes simples y múltiples
  • Reducción de datos de imagen RAW (Raw Image Data Reduction) y análisis estándar por industria, HKL-2000
  • Los procesos de estructura de la solución utilizan los paquetes de software estándar de la industria (CCP4, shelx, Arp/Warp, COOT, SOLVE/RESOLVE, etc.)
  • Base de datos interna de la muestra , así como comunicación con bases de datos estándares (PDB, SwissProt)
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