溶菌酶

此示例说明了使用配置在MicroMax-007 HF X射线发生器上的PlateMate进行数据收集,并配备一个AFC11-chi测角仪和一个Saturn 944 HG CCD探测器。一个120µm的溶菌酶晶体位于Greiner低断面晶体板的孔E1位置,居中于X射线光束。在室温下,使用以每0.5°/20秒的曝光时间收集了43°的数据。总的收集数据机的时间设定为28分40秒。




使用溶菌酶晶体收集数据


获得以每0.5°/20秒曝光的衍射图像示例



探测器距离 Δω Osc.范围 # img 曝光时间 总曝光时间
80 mm 0.5° -33° < ω < 10° 86 20秒 28分40秒

数据收集参数



空间群 P43212
晶胞 a = 79.24 Å
c = 38.01 Å
分辨率 2.7 Å
马赛克性 0.31 - 0.35°
总反射 11538
单独反射 3639
除去反射 26 = 0.23%
完全性 90.7% (79.5%)
重复性 3.5 (2.0)
I/σ(I) 13.9 (2.8)
线性 Rmerge9.0%
χ² 1.276 (0.723)

在HKL-3000R中获得的晶体参数和缩放统计
括号中的数字是最后一层壳层




χ²和R因子与分辨率的关系图
橙色:不考虑χ²异常散射的情况 蓝色:考虑χ²异常散射的情况;
绿色:不考虑R因子异常散射的情况 红色:考虑R因子异常散射的情况


I/σ(I)与分辨率的关系图
蓝色:不考虑I/σ(I) 异常散射的情况 红色:考虑I/σ(I) 异常散射的情况


使用HKL-3000R的分子置换法分析溶菌酶结构。HKL-3000R使用不包含配体和水分子MOLREP和PDB ID ‘1HEL’程序作为起始模型。使用到3.0Å的数据,MOLREP轻松确定结构。

该模型使用REFMAC和到3.0Å的数据进行5次刚体精修处理,然后使用到2.7Å的数据进行10次约束原子精修处理。没有本地水和其他溶剂的情况下,Rfac和Rfree数值分别为17.5%和27.5%。



2Fo-Fc图像轮廓为1.5σ